A Ufla possui diversos laboratórios de pesquisa, com estrutura financiada principalmente pela captação de recursos em agências de fomento, como demonstrado em item anterior. Além de tal captação a PRP, nas últimas gestões da universidade, tem-se investido na estruturação dos Laboratórios Centrais Multiusuário, com tecnologia de ponta e com equipamentos de grande porte permitindo o uso compartilhado por diferentes equipes de pesquisa da Universidade, bem como de outras instituições. Essa estratégia tem favorecido o aumento do nível tecnológico empregado na pesquisa, e deve estimular a maior internacionalização da publicação científica da UFLA. Já foram implantados o Laboratório Central de Biologia Molecular, Laboratório Central de Microscopia Eletrônica e Análise Ultra-estrutural, Laboratório Central de Análise e Prospecção Química, Laboratório Central de Química Ambiental e Laboratório Central de Computação Científica. Em 2005 foram obtidos recursos para a implantação de outros três, a saber, Complexo Central de Fitoquímicos, Laboratório Central em Qualidade e Segurança Alimentar e Laboratório Central de Pesquisa em Sementes.

No questionário de avaliação institucional aplicado aos professores 71% consideraram como adequada (conceitos ótimo, muito bom e bom, gráfico 17.2, anexo 1) a estrutura disponível na instituição para as atividades de pesquisa. Ainda, 86% dos professores também consideraram como adequada, de modo geral, as atividades de pesquisa desenvolvidas na Ufla (gráfico 17.1, anexo 1). Esse resultado mostra claramente a confiança do corpo docente quanto ao desenvolvimento da pesquisa na instituição.