A organização da Ufla é baseada em estrutura de colegiados, praticamente em todos os níveis administrativos e decisórios da instituição. Foi verificado que, em termos regimentais, todos os órgãos colegiados da instituição têm a participação compulsória de alunos e servidores técnico-administrativos, além dos docentes, o que contribui para a transparência e representatividade nas ações da universidade. Todos os cursos de graduação e pós-graduação stricto sensu são administrados por colegiados. Os coordenadores de cada curso/programa são nomeados pelas respectivas Pró-Reitorias, sem definição de um mandato. De modo geral, o tempo de permanência de um coordenador coincide com o período de gestão de um Reitor. Os membros docentes e técnico-administrativos de um colegiado de curso são indicados pelo coordenador, e os membros discentes indicados pelos centros acadêmicos de cada curso. Apesar da nomeação do coordenador de cada curso ser feita pela Pró-Reitoria, sem um processo eletivo, a satisfação dos alunos com as atividades de coordenação é satisfatória. Em pesquisa de opinião entre os alunos 79% declararam que as coordenações de curso de graduação da Ufla atuam de forma satisfatória (conceitos entre bom e ótimo, gráfico 42, anexo 1).

As Pró-Reitorias de Graduação e Pós-Graduação também possuem uma estrutura colegiada, constituída por coordenadores de curso e discentes. As principiais decisões adotadas por essas pró-reitorias precisam ser aprovadas por esses colegiados.

Na administração superior da universidade estão estabelecidos o Conselho de Ensino Pesquisa e Extensão (CEPE) e o Conselho Universitário (CUNI). Tais conselhos atuam de forma complementar, sendo o CUNI o órgão conselho de avaliação final de todas as políticas da universidade. Apesar dos conselhos superiores possuírem diversos membros do segmento docente da instituição, entre os professores da Ufla o nível declarado de conhecimento sobre as decisões de tais conselhos é baixo. Na pesquisa de opinião entre os professores, somente 43% declararam tem conhecimento entre bom e ótimo sobre as decisões dos conselhos (gráfico 74, anexo 1). Isso também se reflete no nível de conhecimento declarado entre docentes sobre o regimento da instituição: 65% consideram entre bom e ótimo. Considerando a importância desse conhecimento para a atuação profissional dos docentes esses índices devem ser melhorados nos próximos anos. Observa-se ainda que diversos novos servidores são contratados sem receber uma qualificação ou treinamento sobre esse assunto à sua admissão no serviço público. A CPA também observou que as decisões de ambos os conselhos, bem como as atas de reuniões, não são divulgadas, por exemplo, na página web da instituição.  Essas ações poderiam ajudar na difusão de informações pela instituição.